Le clavier du TI-99/4A est un modèle de qualité. De type mécanique, il offre une frappe franche et précise . La disposition des 48 touches est de type QWERTY. Malheureusement, comme pour la majorité des ordinateurs américains de l'époque, aucune version AZERTY ou QWERTZ sera proposée pour les modèles destinés à l'exportation.

Les claviers des TI-99/4A ne sont pas tous identiques, ils différent selon le lieu de production. Car durant la commercialisation de l'ordinateur, Texas Instruments fera appel à différentes sociétés pour produire son clavier, citons General Instrument, Alps, Mitsumi ou bien encore Stackpole.  Hormi de subtiles variations dans la forme des touches, la mécanique diffère: contacts par micro switches pour certains, à double lamelle pour d'autres. La sensation de frappe s'en trouve changée mais pas au point de nuire à la qualité.

Le clavier est divisé en deux parties (gauche et droite). Chaque partie se compose de quatre lignes (dirigées vers le TMS9901 en tant qu'interruptions) et de 6 colonnes (dirigées vers un 74LS156). La pression sur une touche déclenche automatiquement une interruption au niveau du TMS9901. Celui-ci identifie la ligne qui l'a générée puis interroge le 74LS156 qui renvoie la ligne sur laquelle se trouve la touche pressée. Ensuite l'ordinateur se charge d'afficher le caractère correspondant à la touche pressée.

Exemples: la touche E correspond à la mise en contact de la broche #10 et de la broche #14. La touche Entrée correspond aux broches  #1 et #12.

Le TI-99/4A dispose de plusieurs modes d'affectation des touches.

Clavier ASCII (mode 0):
Le clavier retourne les valeurs ASCII comprises entre 0 et 127 des touches enfoncées.

Clavier divisé (mode 1 et 2):
Le clavier est divisé en deux parties: partie gauche (en bleu) et partie droite (en cyan).. Les codes retournent une valeur comprise entre 0 et 19. Les modes 1 et 2 correspondent aussi aux codes de contrôle émis respectivement par les télécommandes N°1 et N°2.

Clavier normal (mode 3):
Les caractères alphabétiques en majuscules et minuscules sont tous retournés en majuscules. Les caractères de commandes sont désactivés. Les codes de fonctions (FCTN) compris entre 1 et 15 sont actifs.

Clavier Pascal (mode 4):
Les caractères alphabétiques en majuscules et minuscules sont tous utilisés. Les caractères de commandes sont désactivés. Les codes de fonctions (FCTN) compris entre 129 et 143 sont actifs. Les codes de contrôle (CTRL) compris entre 1 et 31 sont actifs.

Clavier Basic (mode 5):
Les caractères alphabétiques en majuscules et minuscules sont tous utilisés. Les codes de fonctions (FCTN) compris entre 128 et 159 sont actifs ainsi que le code 187. Les codes de contrôle (CTRL) compris entre 1 et 15 sont actifs.